Den blot 16-årige McIntosh, opnåede en vindertid på 1 min, 54,13 sekunder, og sluttede 0,83 sekunder foran Ledecky og forbedrede dermed sin verdensrekord for juniorer fra sidste års verdensmesterskaber.
Det var det første nederlag for Ledecky på amerikansk grund i en 200 meter fri finale på langbane siden hendes nederlag mod Allison Schmitt i 2014.
Ledecky er syvdobbelt olympisk guldvinder, og har bla vundet guld i 800 meter fri ved de seneste tre OL.
Ved sidste års verdensmesterskaber snuppede Ledecky guld i 400-, 800- og 1500 meter fri og 4x200 meter fri stafet. McIntosh vandt 200 meter butterfly og 400 meter individuel medley og blev nummer to efter Ledecky i 400 fri.
Ledecky har endnu ikke meddelt, hvilke distancer, hun stiller op i ved næste års OL i Paris.