Bayern mister portugisisk stjerne efter skade i landsholdsregi: Misser flere uger
Palhinha, som kom til Bayern på en fireårig kontrakt i denne sæson fra engelske Fulham, havde været afsted med Portugal i landskampspausen.
"FC Bayerns medicinske afdeling har bekræftet, at Joao Palhinha pådrog sig en muskelsakde i sit højre lår under træning med det portugisiske landshold," sagde klubben.
"Midtbanespilleren vil derfor være sat ud af spillet i de kommende uger."
Bayern, der topper Bundesligaen med et forspring på fem point til RB Leipzig, har et travlt program foran sig med fire kampe på 11 dage.
Bayern tager imod Augsburg i ligaen på fredag, inden de er værter for Paris St Germain i Champions League næste tirsdag.
Derefter rejser de til Borussia Dortmund i Bundesligaen og møder Bayer Leverkusen i den tyske pokalturnering den 3. december.