Heidenheim vandt ellers 4-0 over Augsburg før landskampspausen og blev dermed det 35. hold nogensinde til at toppe Bundesligaen, men det varede ikke længe, for fredag sørgede Dortmund altså for, at deres regeringstid blev kortvarig.
Et tidligt pres bar frugt, da Karim Adeyemi kom ind fra højre side og lagde den til rette for Donyell Malen, hvis lave skud var nok til at slå Kevin Müller fra kanten af feltet.
Et svagt forsøg på at svare igen blev derefter kastet tilbage i ansigtet på gæsterne, da Malen slog kontra og fandt Julian Brandt og derefter Adeyemi, som selv scorede med en lav, krøllet afslutning.
Det var i øvrigt præcis sådan, kampen havde udviklet sig i sidste sæson - også fredag aften på tredje spilledag - hvor Heidenheim til sidst kom tilbage og reddede 2-2.
Det gav dem selvtillid, og føringen blev da også halveret, da Omar Haktab Traoré slog et dybt indlæg til Marvin Pieringer, som slog Waldemar Anton og headede bolden i mål.
Dortmund var dog ikke villig til at tillade en gentagelse af sidste sæson, og den nye stjerneangriber Serhou Guirassy lod Julian Ryersons indlæg løbe ind til Adeyemi, som køligt styrede sit andet mål i kampen ind og genetablerede værternes to-måls føring.
Måske var det eneste, der manglede i Dortmunds angreb i første halvleg, en åbnende scoring for Guirassy, men han var tæt på to gange, før han blev skiftet ud, blandt andet da Müller kom i vejen for et akrobatisk forsøg.
Dortmund så indledningsvis komfortable ud, men dommer Robert Schröder måtte pege på pletten, da Niklas Süle nedlagde danske Mikkel Kaufmann, og føringen blev igen reduceret til én ved Maximilian Breunig fra pletten.
Heidenheim leverede nogle berømte comebacks i deres første sæson i Bundesligaen, men det var Dortmund, der havde det sidste ord i fredagens kamp.
Traoré blev dømt for at have håndteret den i feltet i overtiden, og Emre Can slog til fra straffesparkspletten og sendte sit hold til tops for nu, selvom sejre til Bayern München eller RB Leipzig i løbet af weekenden igen vil sende Die Borussen væk fra førstepladsen.
Heidenheims korte periode i drømmeland slutter efter blot det andet nederlag i 12 udebanekampe i Bundesligaen, men det bliver helt sikkert en fængslende sæson på Voith-Arena, uanset at der er europæisk fodbold på programmet for første gang i deres historie.