Det tyske fodboldforbund offentliggjorde beslutningen onsdag efter at have gennemført en undersøgelse efter Xabi Alonsos holds sejr efter straffesparkskonkurrence mod Stuttgart.
Boniface bragte Leverkusen foran i den spændende kamp, men hans hold vandt i sidste ende efter en straffesparkskonkurrence. Boniface blev senere set på videooptagelser, hvor han gav Stuttgart-bænken en langfinger.
"Jeg så det ikke, jeg har bare hørt om det. Der skete mange ting, ikke bare det. Der var en masse kontroverser i de sidste par minutter, så det er ikke et stort problem," sagde træner Alonso til medierne.
Dommer Tobias Stieler indrømmede, at han overså hændelsen, men landets disciplinærudvalg foretog en undersøgelse og fandt den regerende Bundesliga Rookie of the Season skyldig.
Bonifaces holdkammerat, Martin Terrier, fik to kampes karantæne i turneringen efter at være blevet udvist i første halvleg for farligt spil.
I mellemtiden har Bayer Leverkusen udsendt en direkte erklæring for at bekræfte, at de ikke vil appellere det tyske organs beslutning.
På trods af karantænen vil den afrikanske stjerne stadig være til rådighed, når Bayer Leverkusen indleder sin Bundesliga-sæson 2024-25 mod Borussia Mönchengladbach på fredag.
Boniface spillede en afgørende rolle i sin klubs dobbelttriumf i sidste sæson, hvor han scorede flere mål og leverede afgørende assists.
I et nyligt interview med Bundesligaens hjemmeside udtrykte Victor Boniface sin vilje til at opnå endnu mere i denne sæson og sagde, at han endnu ikke har nået sit fulde potentiale.
"Nej, nej, nej. Der er meget mere. Med hensyn til alt. Med hensyn til at forbedre mig som spiller og lære nye ting," sagde han.
"Der er plads til forbedringer for mig. Jeg er den type, der lærer hver dag. Så jeg tror, der er mere, jeg kan opnå individuelt og i forhold til kollektivet med holdet.
"Som jeg sagde, lærer jeg hver dag. For mit vedkommende tror jeg, der er mere af det, jeg ved, jeg kan gøre, men det handler ikke kun om mig. Det handler om hele holdet. Det vigtigste er holdet. Så længe vi vinder, er jeg glad, og jeg har det fint med det."
På den internationale scene forventes han at være blandt de spillere, der er indkaldt til Nigerias kvalifikation til Africa Cup of Nations 2025 mod Benin i næste måned.
En sen skade forhindrede ham i at deltage i Africa Cup of Nations 2023, hvor vestafrikanerne tabte 2-1 til værterne fra Elfenbenskysten i finalen.
