Den 42-årige, hvis far Klaus også trænede Frankfurt i sæsonen 1993-94, har underskrevet en treårig aftale og tager over fra 1. juli.
Toppmöller spillede 16 kampe for Frankfurt i en kort periode i 2002-03-sæsonen. Han har tidligere arbejdet som assistent under Julian Nagelsmann i Bayern og RB Leipzig.
"Det var kun et spørgsmål om tid, før Dino ville arbejde som cheftræner i Bundesligaen," sagde Frankfurts sportsdirektør Markus Kroesche mandag.
Toppmöller arver et Frankfurt-hold, der vandt Europa League under Glasner i 2022 og nåede dette års tyske pokalfinale, hvor de tabte til Leipzig.
Frankfurt sluttede på syvendepladsen i Bundesligaen og skal spille playoff-runde til Europa Conference League i næste sæson.
"Min fortid betyder, at jeg altid har haft et særligt forhold til Eintracht og altid har fulgt klubben," siger Toppmöller.
"Eintrachts udvikling i de seneste år har været imponerende.
"At vende tilbage til denne klub som cheftræner, med dens store følelser og unikke fans, er en stor ære for mig og også en stor udfordring."