En velkommen tilbagevenden til Westfalenstadion - hvor Dortmund havde vundet alle sine tre Bundesliga-sejre i denne sæson - blev gjort lidt mere ubehagelig af det faktum, at aftenens modstandere cruisede til en 3-0-sejr over Freiburg på deres sidste udebanetur, hvilket var deres første sejr i den bedste række i over 13 år.
Værterne burde stadig have bragt sig foran, da Guirassy ikke kunne slå Nikola Vasilj i en direkte duel, inden Dapo Afolayan slap fri i den anden ende, men hans skud blev blokeret af en glidende tackling fra Ramy Bensebaini.
Gæsterne troede, de havde udlignet, da Morgan Guilavogui sendte Eric Smiths frispark i mål, men scoringen blev efterfølgende annulleret for offside.
Og uheldet sluttede ikke der for gæsterne, da Dortmund snuppede halvlegsføringen via Bensebaini, der udbyggede på sit mål for Algeriet i midtugen med et fremragende hovedstød ved den fjerneste stolpe.
St. Pauli har uden tvivl have følt sig hårdt behandlet i pausen efter deres positive præstation i første halvleg, men Dortmund gjorde mere for at retfærdiggøre deres føring med store chancer til Guirassy og Donyell Malen, der ikke blev omsat.
Da de ikke havde den tomålsføring, som de havde haft i alle deres hjemmekampe i Bundesligaen indtil nu, var tingene dog i balance, og der skulle kun et magisk øjeblik til, før udeholdet kom på omgangshøjde.
Midterforsvareren Eric Smith mødte en clearet bold et godt stykke uden for feltet og sendte en tordnende halvflugter op i det øverste hjørne af Gregor Kobels mål.
Pauli havde fortjent udligningen, men Dortmund beviste i sidste ende, hvorfor de er så svære at slå i Ruhrpott.
Bare et par minutter senere snød indskiftede Jamie Gittens sin markør og sendte et indlæg ind i det lille felt, hvor Guirassy steg op over Karol Mets og headede sejrsmålet ind.
Pauli har stadig aldrig forladt Westfalenstadion som det vindende hold, mens Dortmund med den ottende hjemmesejr i træk i alle turneringer indtager en foreløbig top-4-placering forud for resten af weekenden.
Flashscore Kampens mand: Ramy Bensebaini (Borussia Dortmund)