Det oplyser fodboldklubben i en kortfattet meddelelse på sin hjemmeside tirsdag eftermiddag.
Maldini blev sat fra bestillingen mandag, og hans arbejdsopgaver bliver midlertidigt løst af en nedsat arbejdsgruppe.
"AC Milan meddeler, at Paolo Maldini afslutter sin rolle i klubben med virkning fra 5. juni 2023. Vi takker ham for hans mangeårige tjeneste i rollen, der har bidraget til at vende tilbage til Champions League og vinde Scudettoen i 2021/22. Hans daglige opgaver vil blive udført af et team, der arbejder tæt sammen med førsteholdets manager og i sidste ende rapporterer til den administrerende direktør".
Allerede mandag skrev italienske medier om den mulige skilsmisse med henvisning til, at Maldini havde tabt en magtkamp i ledelsen.
I den korte afskedssalut takker AC Milan for Maldinis bidrag til, at klubben sidste år vandt Serie A.
54-årige Maldini er en stor legende i klubben, som han repræsenterede i hele sin aktive karriere. I perioden 1984-2009 spillede han 902 førsteholdskampe for den norditalienske klub, med hvem han vandt 26 titler.