Rooney blev sigtet for sin opførsel i en begivenhedsrig sejr over Blackburn, hvor han blev udvist for angiveligt at have fornærmet fjerdedommeren og siden at være vendt tilbage til banen efter sin udvisning.
Plymouth førte 1-0, da Blackburn scorede et udlignende mål i det 86. minut, som Rooney og hans spillere mente ikke burde have stået ved magt, og den tidligere Manchester United- og England-angriber blev rasende på fjerdedommeren.
Dommer James Linington gav Rooney et rødt kort, og han gik ned i tunnelen på Home Park, men var tilbage på banen for at fejre Morgan Whitakers sejrsmål i det 97. minut.
"Wayne Rooney har fået en kamps karantæne og en bøde på 5.500 pund (50.000 kr.) for dårlig opførsel i Plymouth Argyles EFL Championship-kamp mod Blackburn Rovers lørdag den 5. oktober," siger FA i en udtalelse.
"Det blev påstået, at managerens opførsel omkring det 87. minut var upassende, og/eller at han brugte grove og/eller fornærmende ord over for en kampens dommer, hvilket førte til hans bortvisning."
"Det blev yderligere påstået, at hans adfærd efter bortvisningen var upassende og/eller voldelig. Det blev også påstået, at hans adfærd var upassende, da han vendte tilbage til banen efter at være blevet udvist."
Rooney blev udnævnt til manager for Plymouth i maj. De ligger på 14. pladsen i tabellen, inden de lørdag besøger Cardiff City.