Efter tirsdagens 2-1-sejr over Frankrig i semifinalen i München blev den 31-årige angriber tacklet af en sikkerhedsvagt, mens de spanske spillere fejrede finalepladsen.
Flere sikkerhedsvagter jagtede en baneløber, der var sprunget ind på græsset for at få taget en selfie med sin mobiltelefon.
En af vagterne skvattede, da han nærmede sig Morata og ramte den spanske spiller på benene.
Anføreren tog sig straks til et område omkring knæet og begyndte at humpe rundt, mens sikkerhedsvagten hurtigt fik rejst sig op og støttede angriberen.
Det er endnu for tidligt at sige, hvor galt det står til med Álvaro Morata, oplyser landstræner Luis de la Fuente.
"Vi må vente og se, når det gælder Álvaro. Der skete noget under fejringen. Noget med hans ben. Vi tror ikke, at det er noget alvorligt, men vi må vente til i morgen (onsdag, red.) og se", siger han.
Et større antal baneløbere har præget EM i Tyskland. Portugals gruppekamp mod Tyrkiet blev afbrudt gentagne gange, da baneløbere ville have taget selfies med portugisiske Cristiano Ronaldo.
Spanien skal i søndagens EM-finale møde England eller Holland. De to hold står overfor hinanden onsdag aften klokken 21.00 i Dortmund.