Det indrømmer hovedstadsholdets italienske cheftræner, Carlo Ancelotti.
"Det var en svær kamp. Vi havde chancer, og vi kunne have gjort det til 3-1 og sænket tempoet i kampen, men det lykkedes ikke," siger han ifølge nyhedsbureauet Reuters.
"Vi kunne have forsvaret bedre. Hvis jeg skal være ærlig, var det svært for os at være 100 procent motiverede."
Nigerianske Samuel Chukwueze var den mest lysende stjerne, da de to hold tørnede sammen.
Kantspilleren scorede to gange og skabte det tredje mål i en yderst underholdende affære, som Real Madrid førte både 1-0 og 2-1.
"Vi er ikke i tvivl om, at onsdag bliver en anden historie. Temperaturen er faldet en smule i dag, men på onsdag bliver det med fuld styrke," siger italieneren om Real Madrids næste kamp.
Her venter hjemmebaneopgøret mod engelske Chelsea i kvartfinalen af Champions League. Den kamp spilles onsdag aften klokken 21.00.
Villareals cheftræner, Quique Setien, havde kun positive ting at sige om Chukwueze efter sejren over Real Madrid.
"I et par uger har han givet os en masse, og han er permanent en trussel," siger Setien.
"Det handler ikke bare om mål, også med afleveringer og chanceskabelse er han en ekstraordinær spiller, som giver os en hel masse."