Den tyske landsholdsspiller er i gang med det sidste år af sin kontrakt med Barcelona, efter at han kom til fra Manchester City i 2023.
Gündogan er en af dem, der tjener mest i klubben, og spanske medier har skrevet, at han måske vil forlade klubben efter indkøbet af midtbanespilleren Dani Olmo.
Gündogan gik glip af Barcelonas første ligakamp, en 2-1-sejr over Valencia i lørdags, på grund af en mindre skade.
"(Gündogan) skadede sit øjenbryn i mandags, og det er derfor, han bliver hjemme," sagde Flick til journalisterne efter kampen.
"Jeg sætter pris på, hvilken slags spiller han er, og hvordan han er som person. Jeg har talt meget med ham, men det er noget mellem ham og mig, vi har et godt forhold. Jeg kender ham godt. Jeg har på fornemmelsen, at han bliver."
Barcelona er værter for Athletic Bilbao i La Liga på lørdag.