Vieira blev udnævnt til træner i juli sidste år på en treårig aftale, efter at den tidligere franske landsholdsspiller havde forladt sin rolle i Crystal Palace.
Strasbourg sluttede som nummer 13 i ligaen i hans første sæson, men klubben takker Vieira for at have bragt unge talenter frem i en overgangssæson.
"Vi vil gerne udtrykke vores taknemmelighed og takke Patrick for det arbejde, han har udført i denne første fase af projektet, og vi ønsker ham stor succes i fremtiden," sagde klubpræsident Marc Keller i en udtalelse.
"Han vil altid være velkommen i klubben."
Sidste år blev Strasbourg overtaget af BlueCo, efter at konsortiet, som købte den engelske Premier League-klub Chelsea, indgik en aftale om at blive aktionærer i den franske klub.
Klubben sagde, at der snart vil blive udpeget en ny træner. Den nye Ligue 1-sæson starter i weekenden 17.-18. august.