Cheftræner Bev Priestman meddelte også, at hun ikke vil deltage i åbningskampen i Canadas guldmedaljeforsvar mod New Zealand.
Beslutningerne kommer, efter at en medarbejder blev tilbageholdt af de franske myndigheder for at have fløjet med en drone over en newzealandsk træningssession i Saint-Etienne i denne uge.
Den Canadiske Olympiske Komité (COC) sagde, at den siden havde hørt om en anden hændelse, der involverede New Zealand, som formelt indgav en klage til IOC's integritetsenhed og krævede svar fra Canada.
"COC er i kontakt med IOC og i kontakt med FIFA. Canada Soccer har været transparent og samarbejdsvillig i hele processen," siger COC.
"COC vil fortsætte med at gennemgå denne sag og kan tage yderligere skridt, hvis det er nødvendigt."
De medarbejdere, der blev sendt hjem, var Joseph Lombardi, en ikke-akkrediteret analytiker hos Canada Soccer, og Jasmine Mander, en assistenttræner, som Lombardi rapporterede til.
Priestman sagde, at hun ikke mente, at det ville være passende at sidde på bænken til kampen mod New Zealand på torsdag.
"På vegne af hele vores hold vil jeg først og fremmest undskylde over for spillerne og personalet i New Zealand Football og over for spillerne på Team Canada," sagde hun.
"Dette repræsenterer ikke de værdier, som vores hold står for.
"Jeg er i sidste ende ansvarlig for opførslen. For at understrege vores holds forpligtelse til integritet har jeg derfor besluttet frivilligt at trække mig som træner for kampen på torsdag."