Den engelske landsholdsspiller var ikke tilgængelig til kampen, da han er ved at komme sig over en skade i baglåret.
James skulle angiveligt have konfronteret dommer Jarred Gillett efter The Blues' skuffende 1-0 nederlag på Stamford Bridge - deres tredje nederlag i Premier League i denne sæson.
Chelsea blev reduceret til 10 mand i anden halvleg, efter at forsvarsspilleren Malo Gusto blev udvist i det 58. minut for farligt spil.
VAR anbefalede dommer Gillett at gennemgå hændelsen på skærmen ved siden af banen, hvilket førte til udvisningen af franskmanden.
FA sagde i en erklæring: "Reece James er blevet sigtet for brud på FA's regel E3 efter Chelseas Premier League-kamp mod Aston Villa søndag den 24. september.
"Det påstås, at forsvarsspilleren brugte upassende og/eller fornærmende og/eller krænkende ord og/eller dårlig opførsel over for en kampofficial i tunnelen efter kampen."
Højrebacken har indtil den 29. september til at svare på anklagen.
Tabet efterlader træner Mauricio Pochettino under stigende pres, og Chelsea ligger på 14. pladsen og har allerede 13 point op til ligaens førerhold, Manchester City.