VAR-dommerne Darren England og Dan Cook blev udskiftet for to kampe, efter at Liverpool fejlagtigt fik et mål underkendt i deres 2-1 nederlag til Tottenham Hotspur i lørdags, og PGMOL sagde, at beslutningen var et resultat af "en betydelig fejl".
Liverpool sagde, at "den sportslige integritet er blevet undermineret" af VAR-fejlen.
Søndag var der endnu engang fokus på dommerne, og Cooper var oprørt over beslutningen om at udvise Moussa Niakhate, i 1-1-kampen mod Brentford.
"Da det var dagens eneste Premier League-kamp, havde PGMOL brug for en rigtig god dag, og desværre har de fået det modsatte," sagde Cooper.
"Vi ønsker alle, at dommerne skal være på det rette niveau og at hjælpe dem, men de skal også hjælpe sig selv. Det sidste, de havde brug for, var at tale om dommerkendelser."
Brentford-manager, danske Thomas Frank, var utilfreds med, at hans holds appel for straffespark, ikke blev bakket op af VAR, især en hændelse i anden halvleg, hvor Forest-målmand Matt Turner slap for straf for en tackling på angriberen Yoane Wissa.
"De to gange hånd på bolden, vil nogle managers ville kalde straffespark. Det vil jeg ikke, men jeg ville virkelig hade, hvis de blev dømt imod mig," sagde han.
"Den til Wissa er dog et klart straffe. Man kan ikke gå igennem manden, så det er desværre en fejl fra VAR."