Premier League havde opfordret klubberne til at spille nationalsangen før kampene i weekenden for at markere kongens kroning i Westminster Abbey.
Liverpool sagde fredag, at de ville gøre det før lørdagens kamp mod Brentford, selv om de vidste, at "nogle tilhængere har stærke holdninger" til emnet.
Da "God Save the King" blev spillet, blev buh-råbene til sidst overdøvet af "Liverpool"-sange fra hjemmefansene.
Liverpool-tilhængere har gentagne gange buhet af nationalsangen i de seneste år, især forud for sidste sæsons FA Cup-finale.
Den britiske regerings planer om at overlade byen til "kontrolleret forfald" i 1980'erne og den mørklægning, der fulgte efter Hillsborough-katastrofen i 1989, hvor 97 Liverpool-fans døde, er blevet nævnt som årsager til protesterne mod det etablerede samfund.
Liverpools tyske manager Jurgen Klopp sagde, at han ikke var "ekspert i engelsk historie eller monarkiet", men benyttede lejligheden til i sine programnoter at ønske kong Charles III held og lykke "ikke bare i dag, men også i fremtiden".