De engelske mestre har accepteret straffen, som vedrører regelbrud i løbet af de seneste to sæsoner, har ligaen bekræftet.
Dette spørgsmål har ingen forbindelse til de 115 anklager, City står over for for påståede overtrædelser af Premier Leagues finansielle regler.
I en udtalelse fra Premier League hedder det: "Premier League og Manchester City FC har indgået en sanktionsaftale, efter at klubben har accepteret, at den har overtrådt Premier League-regel L.33 om forpligtelser i forbindelse med kick-offs"
Deres første, en forsinkelse på et minut og 18 sekunder i starten af anden halvleg mod Crystal Palace i august 2022, førte til en advarsel.
Men bøder på mellem 10.000 og 200.000 pund er blevet pålagt for hver efterfølgende overtrædelse.
Den længste forsinkelse var på to minutter og 46 sekunder i starten af sæsonens sidste kamp mod West Ham i sidste sæson, hvor City vandt det fjerde engelske mesterskab i træk.
I erklæringen tilføjes det: "Reglerne for kick-off er med til at sikre, at organiseringen af kampene har den højest mulige professionelle standard og giver sikkerhed for fans og deltagende klubber.
"Det sikrer også, at udsendelsen af alle 380 League-kampe rundt om i verden følger tidsplanen."
City har ikke kommenteret sagen direkte, men i afgørelsen står der: "Klubben har undskyldt for de accepterede overtrædelser ... og bekræftet, at den har mindet klubbens spillere og fodboldledere om deres ansvar for at overholde regel L.33."