Flere City-spillere omringede dommer Simon Hooper i slutningen af kampen, efter at han havde stoppet spillet, da Jack Grealish var på vej mod mål efter en forseelse mod Erling Haaland i opspillet, efter at have vinket for videre spil.
"Manchester City er blevet anklaget for brud på FA's regel E20.1, efter at deres spillere omringede kampens dommer under Premier League-kampen mod Tottenham Hotspur," sagde FA i en erklæring mandag.
"Det hævdes, at klubben i det 94. minut af kampen ikke sikrede, at deres spillere ikke opførte sig på en måde, der er upassende."
City har indtil torsdag til at svare på anklagen.
Efter det uafgjorte resultat er de røget ned på tredjepladsen i tabellen, tre point efter førerholdet Arsenal, og i deres næste kamp skal de møde Aston Villa på onsdag.
