Den uruguayanske landsholdsspiller blev i juni spurgt af værten på Canal 10-showet om en Spurs-spillers trøje, hvortil han svarede: "Sonny's? Det kunne også være Sonnys fætter, for de ser alle sammen ens ud."
Den britiske antidiskriminationsorganisation Kick It Out sagde, at den havde modtaget et "betydeligt antal" klager i forbindelse med kommentaren.
Bentancur undskyldte over for den sydkoreanske landsholdsspiller og Spurs-kaptajn, som sagde, at hans holdkammerat havde "begået en fejl".
Ifølge en udtalelse fra forbundet er Bentancur blevet anklaget for et påstået brud på reglerne i forbindelse med et medieinterview.
"Det påstås, at Tottenhams midtbanespiller har overtrådt FA's regel E3.1, da han handlede på en upassende måde og/eller brugte grove og/eller fornærmende ord og/eller bragte spillet i miskredit", hedder det i erklæringen.
"Det påstås endvidere, at dette udgør et 'forværret brud', som er defineret i FA's regel E3.2, da det omfattede en henvisning, enten udtrykkelig eller underforstået, til nationalitet og/eller race og/eller etnisk oprindelse."
Bentancur har indtil den 19. september til at komme med et svar på anklagen.
Den tidligere Manchester United-angriber Edinson Cavani blev tidligere udelukket i tre kampe og fik en bøde på 100.000 pund i 2020 for at bruge det spanske udtryk "negrito" (lille sort person) i et indlæg på de sociale medier.