Mainoo gik glip af Englands Nations League-kampe mod Grækenland og Finland på grund af skaden sammen med holdkammeraten Harry Maguire, som også er ude i et par uger efter at have pådraget sig en skade under 0-0-kampen mod Villa.
Angriberne Alejandro Garnacho og Amad Diallo, som også gik glip af landskampe i denne måned på grund af skader og sygdom, er til gengæld tilbage i træning forud for lørdagens hjemmekamp mod Brentford, oplyser klubben.
Den marokkanske forsvarsspiller Noussair Mazraoui er også vendt tilbage til træningen efter at være blevet skiftet ud mod Villa på grund af sygdom.
Skader har også sat Luke Shaw, Tyrell Malacia, Mason Mount og Leny Yoro ud af spillet, hvilket bidrager til Uniteds problemer, da de ligger på 14. pladsen i ligaen med otte point efter syv kampe.