McTominay er et produkt af Uniteds akademi, og hans afgang vil give De Røde Djævle mulighed for at styrke deres trup yderligere inden transferdeadline, hvor den uruguayanske landsholdsspiller Manuel Ugarte forventes at komme til fra Paris Saint-Germain.
Salget af spillere, der er kommet gennem ungdomssystemet, er især nyttigt for klubberne, når de skal overholde de økonomiske regler, da hele transfergebyret registreres som en fortjeneste i regnskabet.
Reglerne om økonomisk bæredygtighed, som skal begrænse Premier League-klubbernes tab til max. 105 millioner pund (Ca. 930 millioner kroner) over en treårig periode, har fået skylden for sommerens stille transfervindue.
"Jeg ville helst ikke miste ham, for han er en af vores egne," sagde Ten Hag på sit pressemøde forud for søndagens kamp mod Liverpool.
"Han var så vigtig for vores hold, for Manchester United, men sådan er reglerne desværre.
"Vi er nødt til at diskutere reglerne, når man skal sælge, og det er klart, at spillere af egen avl og akademispillere giver mere værdi, så det er ikke det rigtige at gøre.
"Men jeg tror, at det er en god aftale for alle parter. Scott er glad for det, og for Napoli er det en meget god spiller."
Der kan komme flere handler på Old Trafford inden deadline.
Jadon Sancho er blevet sat i forbindelse med Chelsea, hvilket giver mulighed for, at den udstødte Blues-fløjspiller Raheem Sterling kan skifte til United til gengæld.
United har allerede brugt omkring 150 millioner pund (lidt over 1,3 millioner kroner) i løbet af vinduet på Leny Yoro, Matthijs de Ligt, Noussair Mazraoui og Joshua Zirkzee.
"Vi har et par samtaler i gang i øjeblikket. Det er alt, hvad jeg kan sige. Vi må se, hvad der sker," sagde Uniteds sportsdirektør Dan Ashworth efter at have deltaget i Europa League-lodtrækningen i Monaco.
"Der er stadig et par timer tilbage, og hvem ved, hvad der sker i de sidste par timer. Men vi har været meget tilfredse med det, vi har gjort, både på ude- og hjemmefronten."