I en kamp, der i al hast blev flyttet, efter at voldsom regn havde gjort banen våd bare 24 timer tidligere, var det hjemmeholdet, der kom bedst fra start.
Serie A's delte topscorer Mateo Retegui var tæt på at give hjemmeholdet føringen efter 10 minutter på en fremragende aflevering fra Charles De Ketelaere, da han tvang Emil Audero til en flot redning ved nærmeste stolpe.
Audero kunne dog ikke forhindre Atalanta i at tage føringen i det 18. minut, da gæsterne blev straffet for ikke at cleare et hjørnespark ordentligt, så Davide Zappacosta kunne slå til fra kanten af feltet.
Selv om det var en skuffende måde at komme bagud på, reagerede Como glimrende og var uheldige med ikke at få udlignet inden pausen.
Patrick Cutrone blev to gange afvist af Atalantas vikarierende målmand Marco Carnesecchi med flotte redninger, mens Gabriel Strefezza skød forbi på en stor chance.
Gian Piero Gasperinis mandskab var dog ikke være så heldige efter pausen, hvor de indkasserede tre mål inden for 13 minutter efter pauseteen.
Der var kun gået 22 sekunder, før Como havde udlignet ved Gabriel Strefezza efter en aflevering fra Sergi Roberto, da han sendte bolden op i hjørnet af Carnesecchis mål.
Nico Paz bragte dem foran med et skud, der blev afrettet på vej forbi Carnesecchi, før Alieu Fadera tilføjede et tredje mål, hvor han gjorde Marten De Roon helt rundtosset, før han fandt det fjerneste hjørne med en klinisk afslutning.
Atalanta havde ikke meget at byde på, og et straffespark fra Ademola Lookman i det 98. minut - som den nigerianske landsholdsspiller omsatte til mål - kom alt for sent til at give noget reelt håb om et comeback.
Dermed led hjemmeholdet deres tredje nederlag i fire ligakampe i deres skuffende sæsonstart. Men femte gang var lykkens gang for Como, som kravlede ud af Serie A's nedrykningszone med en imponerende sejr mod en modstander af så høj kaliber.
Flashscore Kampens mand: Gabriel Strefezza (Como)