Den alsidige spiller, der kan klare sig flere steder på banen, har således ønsket nye udfordringer og skal fremover tørne ud for OB i 1. division.
Det meddeler begge klubber på deres hjemmesider.
"Jakob har haft et ønske om en ny udfordring, og et skifte til OB har Jakob set som en spændende mulighed, som han har ønsket at forfølge," siger Viborg-sportschef Mads Agesen.
"Det ønske har vi lyttet til, og da vi samtidig er nået til enighed med OB om en transfer, der også gør det til en attraktiv løsning for VFF, så har vi accepteret det ønske, der har været fra både Jakob og OB," siger han.
30-årige Jakob Bonde kom til Viborg fra Nykøbing FC i sommeren 2018 og er siden blevet et samlingspunkt i klubben, som efterhånden har konsolideret sig i Superligaen.
Men projektet, der skal føre OB tilbage i Superligaen, var tiltalende nok, til at Jakob Bonde kunne lokkes væk fra domkirkebyen.
"At kunne være med på den rejse og det nye projekt, der er ved at blive lavet her, har tiltalt mig meget, så det glæder jeg mig bare utrolig meget til," siger Bonde til OB's hjemmeside.
"Det er en stor klub med flere danske mesterskaber, så jeg ser det som en spændende udfordring at kunne være med til at løfte OB tilbage igen," siger han.
Jakob Bonde nåede at spille 176 kampe for Viborg.