Den portugisiske tekniker er blevet solgt til amerikanske Real Salt Lake i MLS, oplyser FCK på klubbens hjemmeside.
"Vi har haft nogle gode samtaler med Diogo, som har ønsket nye udfordringer, hvis den rigtige mulighed opstod. Vi har samtidig lavet en god handel for FCK," siger sportsdirektør Sune Smith-Nielsen.
27-årige Goncalves kom til i januar 2023 fra portugisiske Benfica. Siden er det blevet til 57 kampe og 20 scoringer for hovedstadsklubben.
I det første år var Goncalves ofte fast mand for københavnerne, men i foråret er han gledet længere væk fra startopstillingen.
"Han var med til at vinde mesterskabet, afgjorde en pokalfinale og leverede stærke præstationer i Europa. Vi har været glade for hans bidrag til holdet, som også tæller mange mål og assist," siger Sune Smith-Nielsen.
Diogo Goncalves har vundet et mesterskab og en pokaltitel med københavnerne, ligesom han var en del af holdet, der i seneste sæson gik videre fra Champions League-gruppespillet.
"Jeg har fået opfyldt mange af de drømme, jeg havde for mit skifte til FCK," siger Goncalves.
"Jeg har vundet pokaler, og jeg har spillet Champions League, og der er mange store øjeblikke, som jeg er meget stolt af, og som jeg altid vil have med mig."
Goncalves er endnu en i rækken af spillere, som FCK har sagt farvel til i indeværende transfervindue.
Københavnerne har blandt andet sagt farvel til Elias Jelert, Peter Ankersen, Christian Sørensen, Oscar Højlund og Khouma Babacar.