Stjerner udeladt af truppen til Hollands Nations League-kamp mod Bosnien
"For både Frenkie og Virgil er det bedre, at de forlader træningslejren på nuværende tidspunkt," sagde Koeman i en udtalelse mandag.
"Den beslutning blev truffet af medicinske årsager, og spillernes interesser er selvfølgelig i højsædet."
Hollænderne vil ikke indkalde nogen erstatninger, og Koeman kan stadig vælge mellem 23 spillere til tirsdagens kamp i gruppe A3 i Zenica.
Både De Jong og Van Dijk spillede i lørdagens 4-0-sejr over Ungarn i Amsterdam, som sikrede hollænderne andenpladsen i gruppen og avancement til kvartfinalerne i Nations League i marts.
Van Dijk spillede alle 90 minutter, mens De Jong blev skiftet ud efter 68 minutter.
Det var den første kamp tilbage på det hollandske landshold i 13 måneder for De Jong, som i sidste sæson kæmpede med en ankelskade og gik glip af EM i Tyskland i år.
Lørdag sagde Barcelona-midtbanespilleren, at han "stadig har brug for lidt tid", før han finder sin form, selv om hans tilbagevenden til det hollandske hold fik positive anmeldelser.