Det oplyser Det Indonesiske Fodboldforbund (PSSI) i en pressemeddelelse, få dage efter at guvernøren på Bali skrev et kritisk brev om Israel.
Guvernøren, Wayan Koster, ønsker ikke at se Israel deltage i turneringen på grund af israelernes politik over for det muslimske land Palæstina. Det skrev han i et brev til Indonesiens ungdoms- og sportsministerium.
"Lodtrækningen er blevet aflyst. Vi har forstået, at det skyldes en afvisning fra Balis guvernør", siger medlem af PSSI's eksekutivkomité Arya Sinulingga.
"Israel er deltager, og lodtrækningen kan ikke finde sted uden alle deltagere", lyder det.
FIFAhar ikke selv begrundet eller kommenteret aflysningen endnu.
U20-VM skal efter planen afholdes fra 20. maj til 11. juni i seks forskellige indonesiske byer. 24 nationer står på deltagerlisten.
Regeringen i Jakarta havde håbet, at Israels deltagelse ikke ville blive et problem, men lokalt har den mødt modstand, da sympatien for Palæstina er stor i Indonesien.
Frygten i regeringen er, at Indonesien kan få frataget værtskabet for turneringen og blive straffet yderligere, hvis der ikke er kommet en løsning på situationen.
Arrangementet har i forvejen været omdiskuteret, efter at 135 mennesker sidste år mistede livet i en kamp på Kanjuruhan Stadion i Malang. En af de største stadiontragedier i historien.