Det oplyser den tyske fodboldklub tirsdag på sin hjemmeside.
Det Europæiske Fodboldforbund (UEFA) informerede mandag aften Frankfurt om, at det italienske indenrigsministerium har planlagt at stoppe salget af billetter til udebanetilskuere.
Frankfurt tabte den første af to ottendedelsfinaler 0-2 hjemme til Napoli. Tyskerne forventede lidt under 3000 medrejsende fans på stadion.
"UEFA har informeret os om, at Italiens indenrigsministerium har besluttet at forbyde salg af billetter til fans af Eintracht Frankfurt til returkampen mod Napoli 15. marts. Dette vil inkludere hele udeholdets pulje på 2700 billetter. Det inkluderer 2400 billetter i det gæstende holds fansektion, som Eintracht ifølge UEFA regler er berettiget til," skriver Frankfurt.
Et af klubbens bestyrelsesmedlemmer er vred over situationen.
"Det er første gang og et unikt tilfælde i europæisk fodbold og en trist dag. At bruge den sikkerhedsmæssige situation som et argument, der påvirker turneringen, er efter vores mening konkurrenceforvridende, siger Philipp Reschke, der er bestyrelsesmedlem i Frankfurt," ifølge dpa.
Den tyske klub vil kommentere udviklingen af sagen yderligere, når der er flere detaljer.
Fans fra begge hold stødte sammen før holdenes første kamp i Frankfurt. Her blev italienske fans angrebet. Politiet betegnede i samme omgang opgøret i Tyskland som en højrisikokamp.
Frankfurt, som vandt Europa League i sidste sæson med stor opbakning på lægterne ved finalen i Sevilla, er inde i en god periode med mange sejre i Bundesligaen og Europa.
Frankfurt råder blandt andre over den danske landsholdsspiller Jesper Lindstrøm i truppen.