Det oplyser cykelholdet Lidl-Trek på X, der tidligere hed Twitter, forud for lørdagens 7. etape, hvor feltet skal bestige bjergtoppen Tourmalet.
Den 31-årige italiener lå ellers godt til i det samlede klassement, hvor hun indtog en fjerdeplads med blot 55 sekunder op til den førende, belgieren Lotte Kopecky (SD Worx).
Lidl-Trek oplyser, at Elisa Longo Borghini døjer med smerter forårsaget af en hudinfektion på venstre lår.
Italieneren modtog efter fredagens etape behandling på hospitalet, og infektionen er nu under kontrol, men smerterne er alligevel for store.
"Af hensyn til hendes sundhed på længere sigt, så er der truffet en beslutning om, at hun ikke kører videre," skriver cykelholdet.
Med to etaper tilbage af Tour de France Femmes stod Elisa Longo Borghini med gode chancer for at nå podiet.
Hun var noteret for samme tid som hollandske Annemiek van Vleuten (Movistar) på tredjepladsen og havde blot to sekunder op til sydafrikaneren Ashleigh Moolman (Quick-Step) på andenpladsen.