Vingegaard udbyggede sin samlede føring til et minut og 48 sekunder over nummer to, Tadej Pogacar, med en fantastisk præstation i tirsdagens individuelle tidskørsel, som han vandt med 1:38.
Pogacar blev nummer to på etapen.
"Det var allerede den fjerde test på to dage," sagde en talsmand for Jumbo-Visma til Reuters onsdag.
"Vi har det helt fint med det. Vi har bedt den internationale cykelunion (UCI) om at handle på denne måde."
Pogacar og hans holdkammerater blev også testet onsdag morgen en time før starten i Saint Gervais, sagde en talsmand for UAE Emirates til Reuters.
Siden 2021 har International Testing Agency (ITA) stået for testningen i cykelsporten.
I Tour de France bliver den førende rytter testet hver dag, og hver etapevinder skal også gennemgå en antidoping-test. Derfor blev han testet to gange efter gårsdagens magtpræstation.