Den 78-årige belgier hyldede den hårde rute i det 110. Tour de France og duellen mellem de to nuværende store kanoner inden for landevejscykling.
"Det har været et fabelagtigt Tour de France, ikke sandt?" sagde den femdobbelte Tour de France-vinder ved etapens startindhegning i Moirans-en-Montagne.
Merckx sagde, at duellen mellem den førende Vingegaard og Pogacar på andenpladsen, såvel som selve ruten, havde leveret en fantastisk Tour.
"Det har været et spændende løb," sagde han.
"Det hjalp også, at Pogacar og Vingegaard kørte lige op og ned ad hinanden, i hvert fald indtil tidskørslen," sagde han.
"Der var ikke stor forskel på de to, og med det, der skete dagen efter, var spændingen væk efter den store bjergetape," sagde han.
Parret havde kæmpet en spændende kamp om overherredømmet på de første 15 etaper og var adskilt af sekunder.
Vingegaard tog dog et forspring på 1 minut og 48 sekunder over sloveneren i den individuelle indsats på 16. etape, før han totalt knuste den dobbelte mester i de høje bjerge på 17. etape.
"Pogacar er stadig en mere komplet rytter," sagde Merckx, som tidligere har talt varmt om den eventyrlige stil, som Pogacar kører med.
"Men i øjeblikket, i hvert fald i de høje bjerge, er Vingegaard stadig den stærkeste af de to," sagde han.
Den 26-årige dansker vandt Tour de France 2022 ved at skrue bissen på over for den daværende dobbelte forsvarende mester Pogacar på en hæsblæsende dag på den sidste stigning på en stor bjergetape.
Pogacar svor at kæmpe tilbage i år, men et brækket håndled i april forhindrede hans forberedelser.
Og Vingegaard skruede igen bissen på i bjergene og tog en solid føring på over syv minutter.
Merckx løftede blikket mod himlen som for at sige "hvis bare", da han blev spurgt, om han ville have haft en chance mod de to.
"Jeg ville virkelig have elsket at køre i dette Tour de France," sagde Merckx, som vandt løbet fra 1969-1972 og igen i 1974.
"Men jeg er glad for at have kørt i min tid," sagde han.
Merckx vandt i alt 11 Grand Tours og hentede kolossale 64 etapesejre undervejs, og han deler rekorden for etapesejre i Tour de France med 34 sejre med Mark Cavendish.
Tour de France slutter i Paris på søndag, og den eneste reelle trussel mod Vingegaards føring er en usandsynlig nedsmeltning 24 timer tidligere på den bjergrige 20. etape.