En dag efter sin fire timer lange kvartfinalesejr blev den 22-dobbelte Grand Slam-mester igen hårdt testet af Ajdukovic, verdens nummer 130, som kun havde vundet to kampe på tour-niveau før denne uge.
Spanieren kom tilbage efter at have tabt åbningssættet, vandt 4-6, 6-3, 6-4 og vendte dermed tilbage til finalen i en turnering, han vandt som teenager ved sin seneste optræden i 2005.
"Det var en meget hård kamp. Det var ærligt talt meget svært, men jeg fandt en måde at overleve på og komme i finalen efter lang tid uden at have været i en finale, så det er gode nyheder, og jeg er meget glad for det," sagde Nadal.
Nadal møder søndag den syvendeseedede portugiser Nuno Borges eller argentinske Thiago Agustin Tirante i jagten på sin 93. singletitel i karrieren.
Hans seneste triumf kom for to år siden på Roland Garros, da han vandt turneringen for en rekordhøj 14. gang.
"Det er altid en fantastisk følelse at være tilbage i finalen. Jeg vandt fire kampe i træk, hvilket jeg ikke har været i stand til at gøre siden for to år siden," sagde Nadal, hvis rangering er faldet til 261 efter en række skader.
"Der skete en masse ting. Jeg er stadig i gang med at genvinde mange af de ting, jeg har mistet, fordi jeg fik en meget omfattende hofteoperation for næsten et år siden, så det går ikke så let."
"Men jeg kæmper. Jeg har kæmpet gennem hele turneringen for at være, hvor jeg er i dag. Kampe som i går og i dag hjælper med at forbedre en masse ting på banen, så det er jeg glad for."
"Lad os se, om jeg er i stand til at spille lidt bedre i morgen."
Nadal kæmpede tidligt i kampen mod Ajdukovic, da han kom bagud med 3-0 og modtog et dobbelt break i åbningssættet, men han kæmpede sig tilbage med to breaks i andet sæt efter endnu en dårlig start.
Den tidligere verdensetter så ud til at være i fuld kontrol i tredje sæt, da han bragte sig foran 3-0, men tabte sin serv to gange i træk og led en gentagelse af den snubletur, der næsten kostede ham i fredags.
Han brød igen i det syvende parti og modstod derefter yderligere to breakbolde i det næste og sikrede til sidst sejren komfortabelt to partier senere.
Nadal bruger turneringen i Båstad som en optakt til de olympiske lege, hvor der spilles på grus på Roland Garros. Han vandt guld i single i Beijing i 2008 og guld i double i Rio 2016.
Han kom i aktion i denne uge for første gang, siden han tabte i første runde af French Open i slutningen af maj.
Nadal skulle også have spillet i double senere lørdag sammen med Casper Ruud, men meddelte, at han trak sig for en sikkerheds skyld efter at have tilbragt seks timer på banen i løbet af sine to seneste singlekampe.