Nadal meddelte torsdag, at han trækker sig tilbage fra tennis efter Davis Cup-finalen i november og dermed afslutter sin karriere med 22 Grand Slam-sejre.
Han tørnede sammen 60 gange med Djokovic, som vandt deres rivalisering 31-29.
"Han er stadig den største rival, jeg nogensinde har haft. Han har påvirket mig meget som spiller, min udvikling, og han har inspireret mange mennesker rundt om i verden," sagde Djokovic, efter at han havde slået den 19-årige Jakub Mensik i tre sæt og var nået frem til semifinalen i Shanghai Masters.
Den 24-dobbelte Grand Slam-mester sagde, at nyheden var kommet som et chok på trods af spanierens skadesproblemer.
Serberen er nu den sidste mand fra tennissportens gyldne æra, da Roger Federer gik på pension i 2022, og Andy Murray også stopper i år.
"Jeg spiller videre, jeg fortsætter stadig, men en del af mig forlader spillet sammen med dem, det er helt sikkert," funderede Djokovic.
"Æraen med de fire musketerer, så at sige, os fire og alle de rivaliseringer, vi havde, var utrolig," sagde han.
"Jeg er lidt overvældet, hvis jeg skal være ærlig, men jeg har stadig lyst til at spille.At kæmpe mod en 19-årig i to en halv time på banen er noget, der stadig driver mig,og jeg prøver at få det bedste ud af mig selv."