Den 37-årige serber - med 24 Grand Slam-titler i bæltet - ødelagde, trods et midlertidigt maveonde, dog aftenen for 21-årige Rune, der på lidt over to timer og efter tilsvarende to timers forsinkelse på grund af de tidligere, meget lange kampe, tabte i tre sæt med 3-6, 4-6, 2-6
Der var nemlig ikke mange vennetjenester at hente for danskeren hos verdens nummer to, Djokovic i starten af kampen. Han kom således flyvende ud af startblokken og kom lynhurtigt på 3-0 i første sæt uden at afgive et eneste point.
Rune kæmpede sig tilbage på 3-5, men drevet af en meget velsiddende serv tog Djokovic i sidste ende første sæt med 6-3 på lige under en halv time, hvor Rune havde lavet ni uprovokerede fejl.
Rune kom meget bedre fra start i andet sæt, hvor Djokovic også gentagne gange tog sig til siden, der lod til at volde serberen problemer.
Ved stillingen 3-2 til Rune spurtede så Djokovic af banen, til hvad der lignede en akut toiletpause.
Han kom dog lynhurtigt tilbage på banen igen og brød kort efter Runes serv til 4-3.
På Runes næste serv var historien ved at gentage sig, men han fik afværget hele seks sætbolde og fik i stedet reduceret til 4-5.
Rune var tæt på at bryde Djokovic' følgende serv, men serberen afværgede faren og kom i stedet på 2-0 i sæt på sin syvende sætbold.
Djokovic buldrede igen derudaf i tredje sæt, hvor han hurtigt brød Runes åbningsserv.
Danskeren gav bestemt ikke op uden kamp, men Djokovic' rutine gav sig udtryk i stor coolness i de afgørende dueller.
Han afværgede således et truende Rune-break til i stedet at komme på 4-2.
Her brød han omvendt sin unge modstander, der afsluttede sin serv med en dobbeltfejl, og 'Nole' kunne nu selv serve kampen hjem.
Det gjorde han såmænd rent, og dermed er Holger Rune altså ude af årets Wimbledon.
Djokovic møder derimod onsdag australske Alex de Minaur i kvartfinalen.