Khachanov er nummer 11 i verden og nåede kvartfinalen i Roland Garros, hvor han tog et sæt fra Novak Djokovic, inden han tabte til serberen, der til sidst vandt titlen.
Russeren har været en af de mest formstærke spillere ved Grand Slams i de seneste 12 måneder, hvor han også nåede semifinalen i US Open sidste år og Australian Open i januar.
"På grund af en uheldig skade, jeg pådrog mig ved French Open (stressfraktur og en delvis fraktur i korsbenets S1-knogle), vil jeg ikke være i stand til at deltage i Wimbledon for andet år i træk," sagde Khachanov på Instagram.
"Beslutningen om at trække mig var ikke let, og jeg håbede til det sidste, at jeg i løbet af disse få uger ville være i stand til at komme mig, men mit medicinske team forsikrede mig om, at det i mit tilfælde ikke var muligt."
Khachanov kunne ikke spille ved Wimbledon sidste år på grund af forbuddet mod russiske og hviderussiske spillere. Forbuddet blev ophævet til dette års mesterskaber, hvor spillere fra begge lande fik lov til at konkurrere som 'neutrale'.
Wimbledon-mesterskaberne begynder den 3. juli.