Akin skrev på de sociale medier, at han var blevet skudt i foden, efter at han havde forladt et tv-studie i Beykoz-distriktet i byen efter Fenerbahces 2-1-sejr over Union Saint-Gilloise i Europa League.
"Vi har med beklagelse erfaret, at den tidligere landsholdsspiller Serhat Akin blev såret i foden som følge af et væbnet angreb," siger TFF i en udtalelse.
"Vi fordømmer på det kraftigste det afskyelige angreb og ønsker Serhat Akin... god bedring."
Akin, som spillede 16 gange for sit land mellem 2002 og 2006, blev kørt på hospitalet til behandling.
Akins opslag på de sociale medier indeholdt et billede af hans blodige ankel og fod, ledsaget af beskeden: "De skød mine fødder efter programmet, vores sidste ord er Fenerbahce."
Fenerbahce, den klub, hvor Akin startede sin karriere og tilbragte fem år, inden han skiftede til belgiske Anderlecht, fordømte også angrebet.
"Vi forventer, at gerningsmændene bliver stillet for retten så hurtigt som muligt," sagde klubben.