Toney, der endnu ikke har fået sin landsholdsdebut efter at være blevet ubrugt på bænken af Gareth Southgate, er blevet anklaget for 262 overtrædelser af FA's regler, der forbyder spillere at spille på en kamp, selv når de ikke selv er involveret.
Den 27-årige spiller forventes at få en langvarig karantæne, hvis han bliver fundet skyldig ved en FA-høring.
Det er dog kun Erling Haaland og Harry Kane, der har scoret flere end Tonys 16 Premier League-mål i denne sæson, hvilket har bragt Brentford i spil til at kvalificere sig til Europa.
Chelseas Raheem Sterling og Liverpools højreback Trent Alexander-Arnold er de store udeladelser i Southgates VM-trup.
Manchester Uniteds midterforsvarer Harry Maguire, Chelseas midtbanespiller Mason Mount og Kalvin Phillips fra Manchester City beholder alle deres pladser på trods af, at de har fået begrænset tid på banen på klubplan på det seneste.
The Three Lions begynder deres jagt på at kvalificere sig til næste års EM i Tyskland med en svær tur ude mod de forsvarende mestre fra Italien i Napoli den 23. marts.
England er derefter vært for Ukraine på Wembley tre dage senere.