Den dobbelte olympiske guldvinder, der i dag er blevet 39 år gammel, stoppede for at lade den sidst placerede Ser-Od Bat-Ochir overhale ham efter 31 kilometer.
Han rakte sine sko og sokker til fans langs vejen, mens publikum jublede og klappede, inden han forsvandt ind i en OL-taxa, måske det sidste glimt, man fik af legenden ved legene.
Kipchoge havde været i den førende gruppe på de første 10 kilometer, men faldt tilbage til omkring et minut efter frontløberne ved halvvejsmærket. Han var en af 10 løbere, der ikke formåede at afslutte løbet.
Kipchoge, der var verdensrekordholder mellem 2018 og 2023, havde håbet på at blive den første mand til at vinde tre olympiske maratonløb.
Mellem 2014 og 2019 vandt han samtlige store maratonløb, som han stillede op i.
Inden han skiftede til maratonløb, havde veteranen succes på 5000 meter, idet han hentede bronze ved legene i Athen i 2004 og sølv i Beijing i 2008. Han fortsatte derefter med at hente på hinanden følgende guld i Rio og Tokyo.
"Det er hårdt at være i toppen... Du skal have den sjette sans for at forblive i toppen," siger han til Olympics.com.
"Jeg kan godt lide de lange løbeture, fordi jeg løber længe. Får mit sind til at arbejde hårdt i mere end to timer. Det gør mig stærk. Det gør mit sind stærkt, at være konsekvent, at respektere den smerte. Alt er en udfordring, og hverdagsprogrammet er en udfordring. Smerte er overalt, men vi siger, at vi vinder maraton i forberedelserne."
Han trænes af Patrick Sang, en tidligere sølvvinder i 3000 m forhindringsløb, som han mødte i en alder af 16.