Danskeren gjorde det til 3-1 i overtiden, og scoringen viste sig at blive mere afgørende, end de fleste måske regnede med, da Dortmund efterfølgende fik reduceret.
Dortmund pressede på i de sidste sekunder og havde chancen for at få udlignet.
Leipzig havde ellers domineret den svære udekamp fra start til slut, efter at Dortmund var blevet reduceret til ti mand allerede efter et kvarter.
Rutinerede Mats Hummels hægtede gæsternes lynhurtige angriber Lois Openda på kanten af straffesparksfeltet, og i første omgang pegede dommeren på pletten og gav Hummels gult.
Et VAR-tjek fandt dog, at Openda blev nedlagt lige udenfor feltet, så straffesparket blev ændret til et frispark, og det gule kort til Hummels blev konverteret til rødt.
Med en spiller i undertal satte Leipzig sig endnu mere på spillet, og efter en halv times tid kom føringsmålet.
Et hjørnespark dalede ned i feltet, hvor Dortmunds Ramy Bensebaini med en skidt aktion headede bolden i eget mål.
I første halvlegs tillægstid fik Dortmund en pludselig og uventet opblomstring med tre store chancer.
Lige før pausefløjtet gav det udbytte, da Julian Brandt smed bolden i en blød bue over i bagrummet, hvor indskiftede Niklas Süle dukkede op og med indersiden flugtede 1-1-målet ind.
Leipzig fik mest ud af pausen, og straks fra start blev Dortmund trykket i bund af gæsterne.
Efter få minutter kunne værterne ikke modstå presset mere, da Christoph Baumgartner blev spillet fri foran mål og gjorde det til 2-1.
Danske Yussuf Poulsen kom ind i det sidste kvarter, og danskeren gjorde ikke umiddelbart det store væsen af sig.
I overtiden blev han dog spillet fri, og efter et fikst træk forbi en Dortmund-forsvarer bankede han bolden i mål.
Ligesom i første halvleg fandt Dortmund nogle ekstra kræfter frem til de sidste minutter. Det lykkedes Niclas Fullkrug at få reduceret til 2-3, men mere blev det ikke til trods flere fine chancer.
Leipzig indtager Bundesligaens fjerdeplads med 29 point, mens Dortmund har 25 point på femtepladsen. Dortmund har dog blot hentet fire point i de seneste fem kampe.